Το 1749 οι Βατοπαιδινοί Πατέρες με τις φιλότιμες προσπάθειες του Προηγουμένου Μελετίου και την προτροπή του Πατριάρχου Κων/πόλεως Κυρίλλου του Ε΄ (1748-1751,1752-1757), ο οποίος εκδίδει και το σχετικό Σιγγίλιο, πρωτοστατούν στην ίδρυση σχολείου κοντά στην Ι.Μ.Βατοπαιδίου και το οποίο ονομάζεται αργότερα από τον Ευγένιο Βούλγαρη « Αθωνιάς Εκκλησιαστική Ακαδημία».

Το Οικουμενικό Πατριαρχείο έχοντας ανύστακτο ενδιαφέρον για το νεοσύστατο σχολείο του Άθωνος διορίζει διά Σιγγιλίου την Άνοιξη του 1753 «τον σοφότερον των Ελλήνων κατά τους μετά την άλωσιν αιώνας Ιεροδιάκονο Ευγένιο Βούλγαρη». Επί των ημερών του η Αθωνιάς ονομάζεται «Αθωνιάς Ακαδημία» τίτλο που φέρει ως σήμερα. Βλέπει μέρες ακμής, προσελκύει πλήθος μαθητών και καθίσταται περίφημη όχι μόνο στον ορθόδοξο κόσμο αλλά και πέραν αυτού. Γίνεται φυτώριο Αγίων ανάμεσα στους οποίους ξεχωρίζει ο Άγιος Κοσμάς ο Αιτωλός, ο Άγιος Αθανάσιος ο Κουλακιώτης και ο Όσιος Νικόδημος ο Αγιορείτης.

Το 1821 η σχολή διακόπτει τη λειτουργία της λόγω της επαναστάσεως. Το 1842 επαναλειτουργεί στις Καρυές. Με εράνους οικοδομείται το νέο κτήριο στις Καρυές το 1844. Ο Ζώης Καπλάνης και ο Ευγένιος Βούλγαρης με τις διαθήκες τους αφήνουν ένα σεβαστό ποσό για τη συντήρηση της Σχολής.

Μια νέα περίοδος αρχίζει για την Αθωνιάδα από το 1930, όταν με απόφαση της Ι. Κοινότητας, μεταφέρεται στον εξωτερικό ξενώνα της Σκήτης του Αγ. Ανδρέα με Σχολάρχη τον Αρχιμανδρίτη Αθανάσιο Παντοκρατορινό, πτυχιούχο της Θεολογίας, μια φωτισμένη αγιορείτικη φυσιογνωμία με βαθειά γνώση των νομικών και με πλούσια διοικητικά προσόντα.

Η Σχολή συνεχίζει το έργο της μέχρι την κήρυξη του ελληνοϊταλικού πολέμου το 1940. Στις 3 Οκτωβρίου του 1953 επαναλειτουργεί υπό τη διεύθυνση του Αρχιμανδρίτη Ναθαναήλ Λαυριώτου του μετέπειτα μητροπολίτη Κώου.